Вопрос
Я не совсем понимаю, когда ставится запятая/тире/двоеточие, когда — нет. Возможно, дело в согласованности или несогласованности, но не уверен.
Примеры из Нацкорпуса:
— Ты имеешь в виду "Метрополь"
— Ты имеешь в виду — расти над собой?
― Ма, ты имеешь в виду: стерпится, слюбится?
― Ты имеешь в виду, в МОЕЙ комнате?
— Ты имеешь в виду, как работает эта штуковина?

Ответ

1. Вот обычные предложения:

Ты имеешь в виду конец света, спросил Арсений. [Евгений Водолазкин. Лавр (2012)]
Ты имеешь в виду, что и их подкупят? [Максим Милованов. Естественный отбор (2000)]

Никаких знаков нет, сочетание употребляется в соответствии со своим значением, указанным во фразеологическом словаре:

ИМЕТЬ В ВИДУ. 
1. кого, что. Подразумевать кого-либо, что-либо. Я многих черепах имею здесь в виду. Нам помощь скорая нужна подчас в делах, Но горе, коль она в руках у черепах! (С. Михалков. Заяц и Черепаха). 
2. кого, что. Принимать во внимание. Имейте в виду, задание ответственное (И. Эренбург. Буря). 
3. что. Замышлять, намереваться (что-либо сделать). Воропаев старался убедить Софью Ивановну, что он, беря в аренду дом, никогда не имел в виду… жить с его доходов, а хотел только одного — иметь свой угол (П. Павленко. Счастье).

Оборот может присоединять дополнение или придаточное изъяснительное предложение (союз ЧТО или союзные слова КАК и др.):
— Ты имеешь в виду "Метрополь"?
– Ты имеешь в виду, как работает эта штуковина?

Если оборот относится к словосочетанию, то его желательно выделить: в устной речи паузой, а на письме одним из знаков (запятая, двоеточие, тире).

Выбор знака определяется интонацией. Запятая обозначает небольшую паузу, а тире и двоеточие – это более сильные знаки. При использовании двоеточия пауза особо подчеркивается (интонационное предупреждение о последующем пояснении). При отсутствии такой затянутой паузы ставится тире:

― Ты имеешь в виду, в МОЕЙ комнате?

― Ма, ты имеешь в виду: стерпится, слюбится?

— Ты имеешь в виду — расти над собой?